Si Nagasaki était en 1945 une cible prioritaire - pour les importantes fabriques d'équipements militaires qu'elle abritait -, la seconde bombe atomique américaine était initialement destinée à la ville de Kokura. Mais le 9 août 1945, le bombardier Bockscar, arrivé vers 10h20 au-dessus de la ville, ne put larguer la bombe Fat Man à cause des conditions météo. L'avion se dirigea vers Nagasaki. Les autorités japonaises pensèrent alors que le B-29 était un avion de reconnaissance. A la surprise générale, à 11h02, la bombe fut lâchée. Elle explosa à 469 mètres d'altitude.
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