Variant breton du Covid-19 : symptômes, détection au PCR... Ce qu'on sait
[Mis à jour le 19 mai 2021 à 11h05] Ayant suscité de vives inquiétudes au moment de sa découverte au centre hospitalier de Lannion, le variant breton ne semble pas progresser en France et n'est pas plus dangereux que la souche classique, produisant les symptômes habituels. Mais le fait qu'il soit indétectable par un test PCR classique le rend difficile à pister.
Au fil des mois et de sa progression sur la planète, le coronavirus SARS-CoV-2 a muté à d'innombrables reprises, dans le cadre d'un processus naturel et inhérent aux virus qui consiste en quelque sorte pour ces derniers à se transformer pour mieux survivre, en acquérant de nouvelles caractéristiques. Ce processus a eu pour conséquence de générer plusieurs souches responsables de la maladie Covid-19. Parmi les principaux variants connus à ce jour, on peut citer entre autres : le britannique (B.1.1.7), le sud-africain (B.1.351), le brésilien (B.1.1.248), le californien (B1.1.429), et l'indien (B.1.617). Au premier trimestre 2021, un nouveau venu français s'est greffé à cette liste qui se rallonge : le "variant breton" (B.1.616).
Seulement trois souches sont considérées comme préoccupantes (B.1.1.7 / B.1.351 / B.1.1.248) en France, car ce sont les seules pour l'instant à représenter un danger réellement accru par rapport à la souche d'origine. Ce qui n'empêche pas de découvrir d'autres variants au fil des investigations scientifiques à l'échelle locale et internationale. C'est exactement ce qui s'est passé en Bretagne à Lannion, où un foyer de contamination a été découvert le 22 février dernier. Au sein du centre hospitalier de la ville, une dizaine de personnes avaient présenté des symptômes du coronavirus, mais leurs tests PCR s'étaient révélés négatifs. Des recherches plus poussées ont mené à la reconnaissance d'une nouvelle souche mutante, qui a été rapidement surnommée le "variant breton".
Seules ces trois nouvelles souches font l'objet d'études à échelle mondiale car elles sont les seules, pour l'instant, à représenter un danger accru par rapport au Covid-19 d'origine. Ce qui n'empêche pas de découvrir d'autres variants et c'est exactement ce qui s'est passé tout récemment en Bretagne et plus précisément à Lannion, où un foyer de contamination naissait le 22 février dernier et qui a mené à la découverte d'un variant breton. Au sein du centre hospitalier de la ville, une dizaine de personnes avaient présenté des symptômes du coronavirus, mais leurs tests PCR s'étaient révélés négatifs. Au bout de trois semaines et après une campagne de tests plus massive, on découvrait 79 cas, dont huit porteurs d'une souche du virus non répertoriée. "Le diagnostic a pu être fait par la sérologie ou la réalisation de RT-PCR sur des prélèvements respiratoires profonds", précise l'Agence régionale de santé de Bretagne.
Le variant breton, c'est quoi ?
Portant le nom scientifique 20C/655Y (lignage B.1.616), le variant breton est une souche particulière du coronavirus SARS-CoV-2, dont les malades affichent les symptômes habituels de la Covid-19, quand bien même leurs tests PCR se révèlent négatifs. L'Institut Pasteur a pu mettre en évidence la présence dans son génome de 9 mutations, notamment dans la région codant pour la protéine S, susceptibles d'entraîner une hausse de la transmissibilité et une moindre efficacité des traitements par anticorps monoclonaux. Toutefois, la diffusion du variant breton apparaît très limitée à ce stade : au 21 avril 2021, il n'y avait en France que 37 cas confirmés d'infections avec B.1.616, dont 34 en Bretagne uniquement. Ce variant ne semble donc pas se diffuser fortement dans la population. Pour autant, en raison des difficultés liées à son diagnostic via les prélèvements nasopharyngés, il est possible que de multiples cas n'aient pas été identifiés. Sur la base des analyses de risque réalisées par l'agence Santé Publique France, il est classé depuis la mi-mars dans la catégorie des "variants à suivre", mais n'est pas considéré comme un variant "préoccupant".
Un variant découvert à Lannion
Le variant breton a été identifié à la suite d'un foyer de contaminations à Lannion et plus précisément au sein du centre hospitalier de la ville des Côtes-d'Armor. 79 cas de Covid-19 ont été diagnostiqués, "dont 8 cas porteurs d'un variant non répertorié, confirmés plus tard par séquençage", explique la direction générale de la Santé dans un communiqué. La particularité de ce variant reste qu'il a échappé, dans un premier temps, aux radars d'une première salve de tests réalisés en février, toujours au centre hospitalier de Lannion, qui a désormais mis en place des opérations de dépistages collectifs. La vigilance est donc particulièrement de mise à Lannion, et dans les communes proches. Un "système de détection de ce variant" a été déployé dans les agglomérations de Guingamp, Saint-Brieuc et Morlaix.
Quels sont les symptômes du variant breton ?
La découverte du variant breton est encore récente et des études doivent définir le profil de cette nouvelle souche. Mais selon les premières conclusions, elle ne serait pas plus dangereuse que la souche d'origine. Ainsi, les symptômes de ce variant breton sont les mêmes et peuvent prendre des formes très différentes en fonction du malade : nez qui coule, fièvre et courbatures, mal de gorge, anosmie et perte de goût... Des expérimentations sont en cours afin de déterminer comment ce variant réagit à la vaccination et aux anticorps développés par le système immunitaire lors de précédentes infections. Les analyses préliminaires réalisées au CNR (Centre national de référence) des virus des infections respiratoires de l'Institut Pasteur, à partir de sujets infectés, de sérums de sujets vaccinés et d’anticorps monoclonaux, sont plutôt rassurantes puisqu'elles ne montrent pas de capacité particulière du variant à échapper à la neutralisation. En clair : les vaccins restent efficaces.
Le variant breton est-il détectable par test PCR ?
Pour le moment, ce variant se caractérise surtout par une détection plus difficile dans les voies respiratoires supérieures que pour les autres souches du coronavirus circulant en France. Les autorités de santé ne sont pas encore parvenues à déterminer l'origine exacte de ce phénomène. Il existe deux principales hypothèses faisant l'objet d'une investigation approfondie : des excrétions virales plus courtes et/ou plus faibles dans le nasopharynx avec cette souche, ou un attrait particulier du variant pour les voies respiratoires inférieures. Quoiqu'il en soit, la difficulté à détecter les cas d'infection en recourant aux tests PCR pose problème, car cela amoindrit l'efficacité des mesures de contrôle basées sur l'isolement des malades après un test positif. D'où la nécessité de maintenir la vigilance vis-à-vis du variant breton, en l'attente des réponses des investigations épidémiologiques qui se poursuivent pour mieux comprendre ses caractéristiques.
Le variant breton est-il détectable par test antigénique ?
Avec le variant breton, les tests antigéniques réalisés par les pharmaciens ou par soi-même présentent les mêmes difficultés que les tests PCR classiques. En effet, ces tests sont réalisés sur la base de prélèvements nasaux ou nasopharyngés, sur les voies respiratoires supérieures. Néanmoins, il faut noter que le diagnostic de ce variant reste possible par des tests de sérologie grâce un prélèvement sanguin, ou par des tests RT-PCR sur des prélèvements respiratoires "profonds", d'après les autorités de santé.