Variants du Covid en France : où circulent-ils dans l'Hexagone ?
En début d'année 2022, le variant Omicron a supplanté le variant Delta (dit "indien") en France, qui avait lui même pris la place du variant Alpha (dit "britannique"). En à peine un an, ce sont ainsi trois "variants préoccupants" qui se sont succédé dans le pays, mais aussi dans le monde, prenant la suite de la souche originelle du virus apparu fin 2019. A chaque fois, la question de l'échappement immunitaire, autrement dit la capacité des variants à contaminer les personnes vaccinées ou ayant déjà contracté le virus par le passé, aura été cruciale, comme celle de la forte contagiosité des nouveaux variants ou de leur sévérité.
Quels variants du Covid-19 circulent en France ?
Selon Santé publique France, plusieurs variants circulent en France depuis la fin de l'année 2020 et l'évolution du SARS-Cov-2. La souche d'origine, dite "chinoise", du coronavirus a rapidement été supplantée par le variant dit "britannique" (VOC 20I/501Y.V1 ou B.1.1.7.), qui a été renommé "variant Alpha" par l'OMS. Après avoir atteint environ 90% des cas, il a progressivement laissé a place à un autre variant, le variant Delta, dit "indien" au début de l'été 2021 puis au variant Omicron en fin d'année. Si bien que Santé publique France a fait évoluer sa stratégie de criblage à deux reprises, le 31 mai 2021 et le 17 décembre 2021.
Le variant Alpha n'est ainsi plus traqué dans les tests positifs depuis mai 2021, ni même la mutation E484Q (marginale) depuis décembre 2021. Ce sont désormais trois "mutations d'intérêt" ou "cocktails de mutations" qui sont recherchées : la mutation E484K portée notamment par les variants Bêta (sud-africain) et Gamma (brésilien), la mutation L452R (portée notamment par le variant Delta) et les mutations DEL69/70, K417N, S371L-S373P ou Q493R, permettant d'identifier le variant Omicron. Santé publique France a détaillé cette nouvelle nomenclature sur son site et distingue des "variants préoccupants" (à gauche ci-dessous). Ces derniers sont aussi analysés lors d'enquêtes spécifiques dites "Flash" :
(En savoir plus sur les variants, les mutations et leur classification)
Cartes des variants du Covid en France
Santé publique France présente sur son site Géodes plusieurs cartes affichant la progression des variants dans le pays. Ces cartes, mises à jour quotidiennement, livrent le pourcentage de chaque mutation parmi les tests criblés dans la base SI-DEP sur une semaine glissante, avec trois jours de retard. Depuis mi-décembre 2021, Santé publique France a modifié sa stratégie de criblage, comme expliqué ci-dessous, pour se focaliser sur les mutations (E484K, L452R et le cocktail DEL69/70, K417N, S371L-S373P ou Q493R) et non les variants (Alpha, Bêta, Gamma, Delta, Omicron...). Mais chaque mutation est généralement associée à un ou plusieurs de ces variants :
Taux de tests avec présence de la mutation E484K (Bêta et Gamma)
Taux de tests avec présence de la mutation L452R (Delta)
Taux de tests avec avec absence des deux mutations E484K et L452R (suspicion Omicron)
Taux de tests avec présence DEL69/70, K417N, S371L-S373P ou Q493 (forte suspicion Omicron)
Variant, nouvelle souche ou mutation du Covid, de quoi parle-t-on ?
Pour comprendre l'évolution du SARS-CoV-2 qui sévit dans le monde depuis novembre 2019, il est salutaire de préciser comment les autorités internationales et françaises observent et classifient les mutations et les variants du virus. Il faut d'abord savoir que le coronavirus subit, depuis son émergence dans la région de Wuhan, en Chine, des mutations régulières, autrement dit des changements mineurs liés à des erreurs de réplication de brins d'ARN du virus (l'acide ribonucléique, constitutif de son génome) dans nos cellules. "Ces mutations peuvent n'avoir aucune conséquence, voire avoir un effet négatif sur le virus. D'autres en revanche peuvent avoir un impact par exemple sur la transmissibilité du virus ou sur la gravité de la maladie", indiquait l'Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm) dans un communiqué en janvier 2021. Ces variations sont communes à tous les virus, selon les spécialistes, et c'est le cas pour le Covid-19 qui aurait déjà connu des milliers de mutations.
On parle de "variant" ou de "nouvelle souche", quand une modification plus prononcée a eu lieu. Parmi elles, la variante D614G, elle-même issue de la souche identifiée en Chine fin 2019, est par exemple devenue la forme dominante du virus en Europe à partir du milieu de l'année 2020. Elle a depuis été supplantée par plusieurs variants successifs. L'OMS dispose d'une classification officielle pour ces nouveaux variants et distingue :
- Les "variant under monitoring" (VUM), ou "variants en cours d'évaluation",
- Les "variant under investigation" (VUI), qu'on pourrait traduire comme "variants à l'étude",
- Les "variant of concern" (VOC), ou "variants d'intérêt", les plus importants.
Au début du mois de juin 2021, l'OMS a par ailleurs indiqué dans un communiqué avoir renommé les variants les plus préoccupants avec des lettres grecques (Alpha, Bêta, Gamma, Delta...) pour éviter de stigmatiser les pays où ces derniers avaient été séquencés pour la première fois (Royaume-Uni, Afrique-du-Sud, Brésil, Inde...). Les principaux sont présentés plus haut dans cet article. Le variant britannique, appelé VOC-202012/01 ou B.1.1.7, est devenu dominant en début d'année 2021, suivi par le variant Delta (ou indien), VOC 20H/501Y.V2 ou B.1.351 et enfin le variant Omicron (détecté en Afrique-du-Sud) ou PANGO B.1.1.529.
Plusieurs mutations traquées
Les variants les plus préoccupants à ce jour sont le résultat de mutations importantes du coronavirus qui elles aussi sont répertoriées. Une des mutations communes à au moins trois variants, au Royaume-Uni, en Afrique du Sud et au Brésil, a beaucoup fait parler courant 2021 : la mutation N501Y, touchant la protéine Spike, que le virus utilise pour s'attacher aux cellules et y pénétrer. En France, alors que de nouveaux variants demandent régulièrement une surveillance accrue, des évolutions de la stratégie de criblage de Santé publique France ont été opérées début juin 2021, puis mi-décembre 2021, pour rechercher plusieurs autres "mutations d'intérêt" : en particulier les mutations L452R (Delta) et le cocktail DEL69/70, K417N, S371L-S373P ou Q493R (Omicron).
- La mutation E484K (A dans la nomenclature de Santé publique France) serait propre aux variants sud-africain et brésilien (Bêta et Gamma) à l'origine, mais a été depuis "combinée" au variant Alpha dit "britannique" et à d'autres variants.
- La mutation E484Q (B) est associée à des variantes très rares, affectant le même acide aminé que la mutation E484K, et observées notamment en Bretagne ou dans les Hauts-de-France, ou chez un variant indien minoritaire (le variant B.1.617.1 ou Kappa). Ctte mutation ne fait plus l'objet de criblage depuis décembre 2021.
- La mutation L452R (C) est commune aux différents variants indiens du Covid (B.1.617.1 ou Kappa et B.1.617.2 ou Delta) et est associée à une transmissibilité encore accrue du virus.
- Les mutations DEL69/70, K417N, S371L-S373P ou Q493R (D) forment une "combinaison de mutations spécifiques à Omicron" elle aussi liée à une plus forte transmissibilité du virus et à une capacité d'évitement immunitaire.